В Институте иммунологии осуществляются фундаментальные и прикладные исследования в области иммунологии и иммунофармакологии, разрабатываются новые методы борьбы с иммунозависимыми заболеваниями. В клинике Института иммунологии ФМБА России осуществляется диагностика и лечение всех видов заболеваний, связанных с нарушениями в системе иммунитета: бронхиальной астмы, атопического и контактного дерматита, пищевой и лекарственной аллергии, первичных и вторичных иммунодефицитов, наследственного ангионевротического отека, герпесвирусных, папилломавирусных и других инфекций, а также других диагностически сложных иммунозависимых заболеваний. Кроме того, в клинике проводится вакцинопрофилактика, диагностика и лечение лучевых повреждений иммунной системы в раннем и отдаленном периоде после облучения.